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樹 慶蔵
樹慶蔵（いつきけいぞう）は、沢木直保達が入学した
菌を研究する「某農大」教授で、テラフォーミングの思想を支持している老人。
菌について語りたがるが、語りが非常に長いため、
語りが始まると沢木達は逃げ出している。
政財界に太いパイプがあるようで、
「夜の日吉酒場」を通じて策謀を巡らす事もある。
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結城 蛍
結城蛍（ゆうき けい）は、沢木直保の友人であり、彼の能力の理解者である。
「某農大」農学部1年生。
家は造り酒屋であるが、幼い頃のヒオチによる腐造で
杜氏が自殺した事件が原因で、日本酒の現状を憂い、その改革を考えている。
またそのためヒオチを憎んでいる。
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沢木 惣右衛門 直保
もやしもんの主人公。「某農大」の農学部１年生。
一見背の低い、どこにでもいる金髪の学生だが、
”空気中に存在する菌が目に見える”という不思議な能力を持っている。
また、目に見えるだけでなく、手に取ったり会話することもできる。
いつも菌（黄麹菌）が頭や肩に乗っている。
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長谷川 遥
長谷川 遥（はせがわ はるか）は「某農大」の大学院生（博士課程在学）。
しかめっ面で暴力的、時には鞭を振り回す女王様気質の女性。
川浜曰く「女の形をした爆弾」で、美里・川浜の言動にイライラしている。
艶っぽい容姿、威圧的なダブルの白衣の下にボンデージ風の服を着込んでいる。
家は資産家で、過保護気味とのこと。
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及川 葉月
及川葉月（おいかわはづき）は、沢木と同じクラスに所属する「某農大」農学部1年生。
樹にナンパ（？）されて来たところから知りあう。
除菌マニアで潔癖症気味であり、電車のつり革につかまるのも嫌がる。
沢木同様、教授や先輩に振り回されている。
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武藤 葵
武藤葵（むとうあおい）は、「某農大」農学部3年生の女性。
樹研究室の唯一のゼミ生。
かつてはミス農大だったらしい。
酔った挙句及川と一緒に樹の超高級ワインコレクションを飲んでしまい、
責任を感じて発酵蔵の現場責任者となった。
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美里 薫
美里薫（みさとかおる）は、「某農大」農学部2年生の関西弁男性。
偶然なのかどうかわからない（作者の担当編集員は知らなかった）が、
笑い飯の西田幸治にそっくり。
大学生活については仲間と楽しく過ごそうと考えており、
長谷川とは対称的な考えをしている。
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川浜 拓馬
川浜拓馬（かわはまたくま）は、美里と同じく「某農大」農学部2年生の男性。
ドラえもん顔と体型。
かなりルーズな性格だが、虫の研究には異様な熱意を燃やす。
美里薫と学生寮の同じ部屋に住んでいる。
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A.オリゼー
コウジカビの一種のニホンコウジカビ。
いつも沢木の肩や頭に乗っかっている、菌側の主役的存在。
だいたいの事は自分で出来ると思っているらしい。
合体して巨大化することも。
デンプンを糖に分解する。温暖な気候を好む。
L.フルクチボランス
ヘテロ型乳酸菌の一種で「火落ち菌」と呼ばれる。
日本酒の発酵で用いる、コウジカビが生成するメバロン酸が好物であり
日本酒を腐敗させる。
日本酒醸造の現場ではこれを「火落ち」「腐造」と言う。
L.ヨグルティ
日本で作られるヨーグルトによく入っている。
作中では日本産ヨーグルトに使われることから、
ちょんまげがついたデザインで描かれ、語尾に「ござる」とつけて喋る。
現在は菌の分類が変わり、学術的にはこの名前は使われていない。
P.クリソゲヌム
青カビの一種。
抗生物質ペニシリンの原料となるが、非常にありふれたカビなので、
純粋培養したところで売り物にはならない。
もやしもんではA.オリゼー、S.セレビシエと共に出番が多く、
新聞広告などにも良く組んで登場する。
第1話の菌劇場にも早速登場し、「カビの癖に」と捨て台詞を吐いた。
T.ルブラム
真菌の一種である白癬菌の一種。
たむし菌の近種。
水虫の原因となる。
長谷川遥の足の指をかもし、家を作ろうとしていた。
B.ハロデュランス
バチルス属、好アルカリ細菌。
公園のトイレやホンオフェなど、アンモニアがある場所を好む。
沢木の能力を試すため、長谷川がシャーレで培養したハロデュランスを見せたが、
上記の性質から「公衆トイレでよく見かける」と言い当てた。
またそのシャーレの中ではSケンして遊んでいた。
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